Departementet varetager sekretariatsbetjening af Sophie Løhde, indenrigs- og sundhedsminister.
Departementets arbejsområder er inddelt i 6 afdelinger, Stab, Medier og Strategi.
Organisationsdiagram for departementet pr. 1. november 2023
Svend Særkjær er departementschef for Indenrigs- og Sundhedsministeriet
Afdelingen for Forebyggelse, Psykiatri og Borgernær Sundhed
Afdelingen for Patentsikkerhed, Life Science og Global Sundhed
Afdelingen for Struturel Sundhed
Afdelingen for Sygehuse, beredskab og Smitsomme sygdomme
Afdelingn for Jura
Afdelignen for Kommunal- og regionaløkonomi
Stab, Medier og Strategi